Liên Xô và Trung Quốc biểu thị phản đối ngay từ khi Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á được thành lập. Dựa theo văn kiện do nhà đương cục Liên Xô biên soạn, chủ nghĩa thực dân không muốn thấy nhân dân thuộc địa nổi dậy, tự do phát triển, song không thể khiến nhân dân các quốc gia Á-Phi từ bỏ đấu tranh, do vậy họ thay đổi sách lược, lập ra các tập đoàn xâm lược như Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á, áp bức nhân dân bị nô dịch, trấn áp phong trào giải phóng dân tộc; Lãnh tụ Liên Xô và các quốc gia châu Á như Ấn Độ và Miến Điện phản đối SEATO, khiển trách kiểu tập đoàn xâm lược này, kết luận rằng tập đoàn này không thể khiến thế giới thêm hòa bình[15]. Thủ tướng Trung Quốc Chu Ân Lai nhận định rằng các nước Anh, Mỹ muốn dựa vào liên minh chống cộng để khiến Đông Nam Á phân liệt, song vì Hiệp định Genève nên không thành, họ lại thuyết phục SEATO nhìn nhận Trung Quốc là kẻ thù, ý muốn phân liệt châu Á, can thiệp nội chính các quốc gia châu Á, khiến cục thế khu vực càng thêm căng thẳng[31].

Bộ trưởng Ngoại giao Hoa Kỳ Dulles nhận định SEATO là một yếu tố cần thiết trong chính sách ngoại giao của Hoa Kỳ tại châu Á[2]. Tuy nhiên, không phải thành viên SEATO nào cũng đồng ý với chủ trương của Hoa Kỳ về việc dùng biện pháp quân sự để áp chế thế lực cộng sản chủ nghĩa. Năm 1954, Thủ tướng Anh Quốc Anthony Eden biểu thị vấn đề cộng sản chủ nghĩa tại châu Á vừa là vấn đề chính trị, vừa là vấn đề quân sự, do đó không thể chỉ dựa vào biện pháp quân sự để áp chế người cộng sản; nếu muốn sử dụng biện pháp quân sự để ngăn chặn hữu hiệu vấn đề này, cần phải đạt được sự ủng hộ rộng rãi nhất của các quốc gia châu Á[14].

Do Pháp không hăng hái tham gia công tác của Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á, còn Anh Quốc tuyên bố từ năm 1971 bắt đầu triệt thoái quân đội khỏi khu vực phía đông Kênh đào Suez, Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á bất lực trước hành động quân sự của thế lực cộng sản chủ nghĩa[14]. Cuối cùng, Đảng Cộng sản Việt Nam, Pathet Lào và Khmer Đỏ vào năm 1975 lần lượt lật đổ các chính quyền thân Mỹ. Ngoài ra, ngoại trừ Hoa Kỳ, các thành viên còn lại của Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á vào thời điểm giải tán đều đã lập quan hệ ngoại giao với Trung Quốc[37], song từ sau khi Nixon thăm Trung Quốc vào năm 1972, quan hệ Mỹ-Trung cũng đã hòa hoãn[38].

Thập niên 1970, một số quốc gia thành viên của Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á không muốn tham dự công tác của tổ chức, đồng thời rút khỏi tổ chức: Đông Pakistan được Ấn Độ chi viện đã ly khai Pakistan, lập ra Bangladesh, một năm sau Pakistan rút khỏi Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á[9]; vào năm 1975 Pháp quyết định không tiếp tục viện trợ kinh tế trong khuôn khổ tổ chức[10]. Các quốc gia thành viên khác của Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á và năm 1975 ra công báo, tuyên bố do tình hình biến đổi, tổ chức sẽ giải tán, song hoạt động và kế hoạch do tổ chức thi hành sẽ được duy trì dưới hình thức khác[39]. Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á cử hành hội nghị cuối cùng vào ngày 20 tháng 2 năm 1976, đến ngày 30 tháng 6 năm 1977 thì chính thức giải tán[10].

Đại đa số sử gia nhận định "Hiệp ước phòng thủ tập thể Đông Nam Á" là hiệp ước thất bại, trong các sử sách có rất ít đề cập đến hiệp ước này[2]:1. Quan chức ngoại giao Anh Quốc James Cable từng hình dung trong The Geneva Conference of 1954 on Indochina[40] rằng Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á như một chiếc lá sung che đậy chính sách trơ trụi của Hoa Kỳ, còn Hiệp ước Manila là vườn thú gồm các con hổ giấy (hoặc các con sư tử giấy).[2]:1